Evolutionen har under 400 miljoner år skapat en intim samverkan i jordens ekosystem. Under fotosyntesen omvandlar de gröna växterna solenergi till flytande energirika kolföreningar. Upp till 40% av den energin delar växten med sig till mikrober och mykorrhiza i rhizosfären (rotzonen). Mikroberna mineraliserar i sin tur organiskt material och frigör näring som växten är i behov av. Tillsammans med mykorrhizan producerar de även en mängd tillväxtstimulerande ämnen som rothormoner, antioxidanter, aminosyror, vitaminer med mera. Växten kan locka till sig mikrober efter behov; om den behöver kväve så stimulerar den kvävefixerande mikrober. Mykorrhizan fungerar som en effektiv transportväg och skickar ut energi till jordmikroberna samtidigt som den levererar näring från mikroberna till växten, den har också en avgörande roll i växtens vattenhushållning.

Microbe Factorys odlingsstrategi bygger på att se hela systemet – allt från fixeringen av CO2 och transporten av de energirika kolföreningarna till mikrobiomets ekosystemtjänster som mineralisering, kolinlagring och jordstruktur byggande processer.